給与明細の中には、基本給のほか、住宅手当、家族手当、残業手当、などの手当があります。
これらは給与として課税される、つまり年収を構成します。
厳密には、所得税の計算でいう「年収」としておきましょう。 というのは、通勤費も会社が負担してくれる訳で「得」していますよね（笑）なので、本来であれば「年収」の一部になるのですが、所得税では、一定額の範囲で非課税となっています。ただ、社会保険の算定のときは、通勤手当も含めて算定します。（つまり社会保険では課税になっている）
他には現物給与といって、食事の支給や商品の値引き販売なども「得をしている」ということで、場合により給与として課税されます。
つまり年収を構成することもあります。
役員や従業員へ昼食を提供している会社さんも少なくありません。
次の二つの要件を満たしていれば、給与として課税されません。
(1) 役員や使用人が食事の価額の50％以上を負担していること
(2) (食事の価額)-(役員や使用人が負担している金額)＝の金額が1か月当たり3,500円（税抜き）以下であること
※ここでいう「食事の価額」は、仕出し弁当など購入しているときには、その業者に支払う額であり、飲食店などの「まかない」のように作るケースは原価相当額です。
たとえば、業者から仕入れている弁当を、1人当たり1か月4,000円だとして、１０００円だけ従業員から負担してもらっているようなときは、（１）の半分以上を負担していないので、差額の3000円が課税されます。
現物支給が「課税される給与」となると、源泉徴収をしなければだめです。何らかの手当てとして給与明細にのせて、給与計算上、源泉徴収税額を計算し所得税を徴収します。
たとえば、社内で優秀者を発表し、「金一封」を渡すこともあるでしょう。
そんな時には、後で給与か賞与扱いにし、所得税を計算させて、すでに支給した額として差し引くような「給与計算業務」を行います。
こちらは「商品券」の支給でも同じ扱いになります。
従業員がやる気を出す福利厚生プランを会社が考え出したとしても、税金が「それは課税！」といって経営者と従業員のやる気をそがないために、もう少し『やる気の出る』給与課税であればいのにと思います。
